После исхода из Египта под предводительством Моисея, израильтяне долго блуждали через Синай и равнинам Элата и Эзиона, а затем попали местность под названием Моава. Скорее всего, упомянутые в хрониках города (Элат, находившийся на территории современной Акабы и Эзион, современная Иордания (район Эль Халайфа) уже существовали в доизраильские времена. Возможно, Эзион («порт Соломона») был основан содомитами, которые жили на юге, на Саудовском побережье. Это побережье активно посещалось египетскими судами, которые перевозили медь.

К 10 в до нэ относится упоминание о том, что Соломон, построил суда в Эзионе и отправил их в плавание. Обратно корабли вернулись, груженные золотом.

Но уже в 8 столетии до н.э израильтяне потеряли порт. В 3 в до нэ город перешел под контроль династии Птолемеев из Египта, а затем и к римлянам.

Во время римской эпохи была построена дорога, чтобы связать регион с городом Петрой (современная Иордания). Остатки большого количества меди и монет, найденный в этом регионе, означают наличие торговли, которое процветало во время периода (700-900 гг до нэ).

Во время крестовых походов на территории Эйлата крестоносцы построили замок, который пал под натиском Саладина в 1170г. После этого, территория города была включена сначала во владения Мамлюков, а затем и Османской империи.

После Первой мировой войны территория вокруг Эйлата была передана под управление британского мандата.

Область Эйлат определялась как часть еврейского государства в 1947 по плану разделения Палестины и Израильского государства. В ходе военных действий, в которых участвовали бригады Негев и Голани – Эйлат был взят под контроль Израилем. В те времена он был важнейшим портом, необходимым для коммуникации, торговли с Азией и Африкой, и импорта нефти. А с 1949 года город Эйлат стал частью Израиля.