В одной из пещер, как считает традиция, скрывался Давид от гнева царя Саула (1 Царств 24:1-23). Упоминается оазис и в Песне Песен царя Соломона (1:13): «Как кисть кипера, возлюбленный мой у меня в виноградниках Енгедских...». Самое древнее человеческое поселение в Эйн Геди относится к периоду халколита. Выше источника сохранились стены большого здания с круглым подиумом в главной комнате, возможно, древнего языческого храма. Некоторые исследователи считают, что клад, найденный в пещере Матмон, относится именно к этому религиозному сооружению. На территории Эйн Геди обнаружены следы трех крепостей, относящихся к временам иудейских царей, остатки фермы и водных систем. К тому же периоду принадлежат инструменты, печати с текстом на иврите и клад серебра, также найденные в этом культурном слое. Курган поселения того периода Тель Горен археологи относят к 7 веку до нашей эры, ко времени правления иудейского царя Ишаяху (Навин 15:62). Город, стоявший здесь, очевидно, разрушен в 586 году до нашей эры при вавилонском нашествии царя Навуходоносора и вновь отстроен по возвращении евреев из вавилонского плена в 5 веке до нашей эры. Тогда поселок оставался маленьким и вырос лишь во времена хасмонейских правителей. Во втором веке до нашей эры в Эйн Геди поселились представители секты ессев, которых позже, по сообщению Иосифа Флавия, уничтожили сикарии Масады во время Иудейской войны. Позже римляне организовали тут военную базу, в которой стояла Первая Фракийская когорта. В те времена здесь были большие римские бани, руины которых можно увидеть и сейчас. В пещерах Эйн Геди и в пещерах ручья Хевер, прилегающего к оазису, скрывались повстанцы Бар-Кохбы. В период Мишны и Талмуда здесь также было еврейское поселение, от которого сохранились руины синагоги с изображением шестиконечной звезды. На мозаичном полу синагоги есть большая надпись на иврите, здесь же нашли бронзовый семисвечник. Позже поселение было уничтожено арабами. Сегодня Эйн Геди - это большой и интересный заповедник, уникальный ботанический сад, в котором собрана уникальная коллекция растений со всего мира. Ммного птиц, можно увидеть грациозных козлов с изящно изогнутыми рогами, гуляющих прямо среди машин на стоянке, никого не боясь, давно привыкнув к близости человека. В северной его части находится полевая школа Общества Охраны Природы и общежитие. С заповедником соседствует процветающий киббуц того же названия, в котором имеется молодежный пансионат и ресторан .