Город находится на вершине холма (высота 289 м), с которого открывается прекрасный вид на окрестности, город буквально парит над долиной. Город был одним из немногих примеров относительно мирного сосуществования народов, в частности римлян и евреев, которых много жило в Ципори. Именно в Ципори, где евреи и римляне жили вместе, еврейские мудрецы постановили, что театральное искусство идёт вразрез с еврейскими ценностями и запретили посещение евреями театральных представлений. Еврейские мотивы можно увидеть только в украшениях зданий. В синагоге есть мозаика с изображением меноры, на вилле - «Мона Лиза галилейская»...

Впервые Ципори упоминается во времена Александра Янная в 103 г. до н. э. (Флавий, Иудейские Древности 13, 338), но есть археологические находки, свидетельствующие о существовании города еще в период Первого Храма. После римской интервенции в 55 г. до н. э. проконсул Сирии Габиниус делает город столицей Галилеи, а в 37 г. до н. э. царь Ирод Великий попадает здесь в снежный шторм. В те времена в соответствии с христианской традицией здесь проживали родители Девы Марии Иоахим и Анна. После смерти Ирода легат Сирии Варр захватывает город и продает всех его жителей в рабство. Позже Ирод Антипа вновь отстраивает и укрепляет Ципори.

Современный мошав Ципори основан в 1949 г. Первые раскопки были проведены в 1931 г. экспедицией Мичиганского Университета и продолжены более серьезными работами 1983— 1985 гг. совместной командой университетов Южной Флориды и Иерусалимского. Тогда же была восстановлена водная система Ципори и создан музей. Директор археологического музея — Шломо Куликов, приехавший из России много лет назад. Город при раскопках условно разделен на 3 части: водная система, монастырь и церковь крестоносцев и жилой город. Древний Ципори имел огромную площадь, в свое время он был чуть ли не больше Иерусалима. Копать курган сложно, поскольку во время Войны за Независимость после разрушения арабской деревни — базы террористов здесь был высажен лес, чтобы избежать нового арабского заселения. Тогда еще не знали, что под современными руинами лежит легендарный древний город. Однако в раскопки вложено огромное количество денег, в особенности после находки знаменитой «римской виллы» с мозаиками.

Правда, самая древняя часть Ципори - город времен Первого Храма не раскопан вовсе. Водопроводная система находится в полутора километрах от жилого города и поражает своими размерами. Нашли ее давно, но реставрировали совсем недавно. Подземный канал высотой в десятки метров тянется 200 м, его стены полностью оштукатурены, причем штукатурка лежит на слое черепков кувшинов. Строители использовали для прокладки канала геологический разлом. Общий объем системы оценивается как минимум в 10 тыс. куб.м, и она уникальна и по размеру и по форме. Воду сюда доставляли 2 акведука, ведущих от водных источников и ряд систем поверхностного сбора воды. На вершине холма есть еще ряд дополнительных отдельных водных цистерн. Из-за огромного количества доступной воды в Ципори было хорошо развито сельское хозяйство.