Бат Ям был образован в 1926 как Bayit VaGan (Дом и Сад) и принадлежал ортодоксальным евреям. Во время палестинских беспорядков в 1929г. Bayit VaGan подвергался нападениям арабскими бригадами из соседней Яффы и был эвакуирован британскими властями. Город был затем восстановлен в 1930 году, а 1936 получил статус местного совета, и в 1938, название города было изменено на Бат Ям. К 1945 население города составляло 2000 человек.

В период войны за независимость Израиля в 1948г. Бат Ям был объектом нападения со стороны арабов из Яффы, до тех пор пока израильятен не взяли город.

После обретения независимости численность населения города резко выросла из-за массовой иммиграции и в 1958г. Бат Ям получил статус города.

В 70е годы происходит очередная волна иммиграции связанная с ростом строительства и низких цен на недвижимость. В результате переселений, большая часть населения, составлявшие средний класс Бат Яма переехала в новый пригород Ришон ЛеЗион, а их место заняли еврейские иммигранты из арабских стран. Большой процент составляют выходцы из Турции (еврейские иммигранты из Турции).

Очередная волна роста застигла город в начале 90х в связи с массовой иммиграцией из Советского Союза. Близость к центру, низкие цены на недвижимость – сделали Бат Ям привлекательным центром для новых поселенцев. К сожалению, кризис 2000х годов негативно сказался на развитии города и его репутации (высокий уровень преступности).

В настоящее время – один из самых популярных курортов Израиля.