Поселение было основано в 1928 среди дюн равнины Шарона членами организации под названием «Мольба Биньямина» (или Бней Биньямин), названной так в честь Бэрона Эдмонда (Binyamin) де Ротшильд. Само название города является производным от имени известного американско-еврейского филантропа Нейтана Стросса, который потратил много денег на развитие Израиля. Само поселение было образовано после покупки этой организацией 350 акров земли Умм Халеда. Однако, до сих пор – это вопрос – камень преткновения между арабской и еврейской общинами, так как неясно была ли действительно выкуплена земля или же просто передана англичанами (во время их Мандата)

Первоначально было принято решение осушить болотные равнины Хефера, построить дороги. 18 февраля 1929 были построены первые дома для пяти поселенцев. Однако дальнейшее развитие было остановлено из-за Палестинского восстания. Позднее оно вновь было восстановлено: были построены 10 зданий и заложены плантации цитрусовых. В 1931 году население составляло уже 100 человек и продолжало расти.

Во время Второй мировой войны, сюда перебралось множество иммигрантов из Антверпена, известного своей обработкой алмазов. Они же и привнесли с собой этот вид деятельности, и после 1945 город работал главным образом для промышленности драгоценностей. С тех пор Натанья превратился в процветающий город с первоклассной инфраструктурой, а также как развитый промышленный центр.

Город Натанья сыграл важную роль в создании независимого израильского государства и как центр борьбы против англичан. После ухода британских войск в 1948г и последующей войны за независимость, в городе была создана крупная военная база. 3 декабря 1948 г – Нетанья стала первым городом, присягнувшим на верность новому еврейскому государству. В то время численность населения в городе достигала 9000 человек.