В 2005 году правительство Шарона осуществило план одностороннего выхода из Сектора Газы, в результате которого были разрушены 25 еврейских поселений и более 7 тысяч человек потеряли свои дома (которым была обещана, но так и не получена компенсация от государства Израиль в среднем в 300 тыс. долларов на семью). Шарон также начал строительство Забора Безопасности между израильской территорией и Западным Берегом. В январе 2006 года Ариэль Шарон перенёс инсульт, после которого остался в коме, и пост премьер-министра занял Эхуд Ольмерт.

В январе 2006 года на парламентских выборах на территориях, контролируемых Палестинской Администрацией, победу одержало радикальное исламистское движение ХАМАС, признаное в Израиле и ряде других стран террористическим. Движение ХАМАС изначально находилось в оппозиции к ООП и партии ФАТХ, руководимых Ясиром Арафатом и не признавало соглашений в Осло. Летом 2007 года между сторонниками ФАТХ и ХАМАС произошёл вооруженный конфликт, в результате которого сектор Газа оказался под контролем группировки ХАМАС, а части Западного Берега, находящиеся под управлением ПА, оказались под контролем ФАТХ. С лета 2007 года Израиль усилил блокаду сектора Газа, которая продолжается до сих пор.

27 ноября 2007 года Эхуд Ольмерт и Махмуд Аббас согласились начать переговоры и прийти к окончательному соглашению по палестинскому государству к концу 2008 года. Однако сделать это не удалось, переговоры были прерваны в конце декабря 2008 года в связи с проведением Израилем в секторе Газа операции «Литой свинец» против группировки ХАМАС. Израиль объяснял проведения операции Литой Свинец необходимостью прекратить многолетние ракетные обстрелы из Газы, в результате операции погибло более 1300 палестинцев и 14 израильтян.

В 2009 году переговоры с ФАТХ продолжились с участием нового премьер-министра Израиля Беньямина Нетаниягу и нового президента США Барака Обамы. 21 июня Нетаниягу выступил со своим планом ближневосточного урегулирования, в рамках которого выразил согласие на создание палестинского государства с ограниченными правами, в случае признания палестинцами Израиля, как национального дома еврейского народа, и получении гарантий безопасности Израиля, в том числе международных.